485.2 📚 國考版（醫師國考 / PGY OSCE）
國考最愛：microbiota vs microbiome 定義、16S vs metagenomics、HMP 三大發現、dysbiosis 兩大通則（多樣性↓、Enterobacteriaceae↑/Lachnospiraceae↓）、FMT 治療復發 C. difficile（治癒率 ~85%）、SCFA/PSA 誘導 Treg、衛生假說。
485.2.0.1 ⭐ 必背 high-yield
485.2.0.1.1 1. 名詞與數量（最基本送分題）
- microbiota = 某部位所有微生物（菌、病毒、真菌、古菌）本身；microbiome = 這些微生物所有基因的總和。
- 人是 holobiont；微生物體基因 >200 萬，人類基因僅 ~2 萬（人類基因佔整體遺傳潛能 <1%）。
- 細菌數約為人類細胞 1.3 倍（人約 56% 是細菌）；加上病毒/真菌/古菌則 >90% 細胞為微生物。腸道 >1000 種細菌。
- 五大優勢菌門：Actinobacteria、Bacteroidetes、Firmicutes、Fusobacteria、Proteobacteria。
485.2.0.1.2 2. 研究方法（常考方法層次差別）
- 16S rRNA 定序 → 回答「有哪些菌」（解析度通常到屬，便宜快）。
- Metagenomics（總體基因體） → 回答「菌能做什麼」（基因/代謝路徑）。
- 驗證因果靠 gnotobiotic mice（已知菌相小鼠）：GF 小鼠定殖已知菌群，可控制宿主基因/飲食/環境；可移植人類菌相做機轉研究。
- 大型計畫：美國 HMP、歐洲 MetaHIT。
485.2.0.1.3 3. HMP 三大發現（必背）
- 菌相主要依身體部位分群——部位影響 > 個體間差異（同一人皮膚與糞便菌相，比不同人的皮膚菌相還更不像）。
- 同一部位個體間變異極大（糞便 Bacteroidetes 10% ~ >90%）；無菌種在所有人皆存在。
- 組成差很多，但功能（代謝路徑）高度保守 → 功能冗餘（functional redundancy）。
485.2.0.1.4 4. Dysbiosis 與疾病兩大通則（高頻）
- 通則一：疾病狀態菌相多樣性下降（alpha = 種類數，常用 OTU/ASV；beta = 菌種親緣相關性）。
- 通則二：發炎狀態（不論部位/疾病）→ Enterobacteriaceae 相對豐度↑、Lachnospiraceae↓。
- 大多只是相關（correlation），非因果；case-control 設計有「雞或蛋」問題。
485.2.0.1.5 5. FMT（最高頻臨床落地題）
| 項目 | 重點 |
|---|---|
| 最成功適應症 | 復發性 C. difficile 感染（CDI） |
| 治癒率 | ~85%（85-90%） |
| 給予途徑 | 鼻胃/鼻十二指腸管、大腸鏡、灌腸、口服膠囊；下消化道治癒率略高於上消化道 |
| 安全 | 曾有抗藥病原經 FMT 傳播致死；副作用多為暫時（腸蠕動改變、絞痛、脹氣，48h 內緩解） |
| 其他適應症 | IBD、肥胖、憂鬱等 >500 試驗，但CDI 以外結果不一致 |
| 歷史 | 四世紀中國「黃湯」治腹瀉；現代起點為 2013 年大型前瞻試驗 |
485.2.0.1.6 6. 機轉：免疫教育（PSA、SCFA）
- GF 動物免疫系統不成熟、發育不全 → 證明菌相是免疫發育所必需。
- B. fragilis 多醣 A（PSA）：兩性離子結構 → 經 TLR2 → 誘導產 IL-10 的 Treg → 保護對抗實驗性大腸炎與 MS。
- 短鏈脂肪酸（SCFA：butyrate/propionate/acetate）：膳食纖維發酵產物 → 抑制 HDAC、增 Foxp3 → 誘導 Treg、強化上皮屏障、是大腸細胞能量來源。
485.2.0.1.7 7. 衛生假說（hygiene hypothesis）
- 流行病學：微生物暴露與自體免疫/異位性疾病發生率成反比。
- 1989 年提出；現代版：早年微生物暴露不足 + 基因易感 → 免疫恆定崩解；社會「西化」減少暴露。
485.2.0.1.8 8. 重要疾病關聯（記方向）
- 肥胖：GF 小鼠抗飲食誘導肥胖（動物因果明確，人類資料弱）；Bacteroidetes/Firmicutes 比值關聯未獲證實。
- IBD：基因僅解釋 ~20% 易感；Clostridium cluster IV/XIVa↓（如 F. prausnitzii）、Enterobacteriaceae↑。
- 心血管：紅肉/蛋的肉鹼膽鹼 → 腸道菌 → TMA → 肝 → TMAO（與動脈硬化、血栓相關）。
- 腫瘤：菌相影響免疫檢查點抑制劑反應（Bifidobacterium/Faecalibacterium/Akkermansia）。
- C. difficile：抗生素破壞 colonization resistance（定殖抵抗） → CDI。
485.2.0.2 📝 OSCE / 口試提點
- 「microbiota 和 microbiome 差在哪？」→ 前者是微生物本身，後者是它們基因的總和。
- 「16S 定序和 metagenomics 各回答什麼問題？」→ 16S =「有哪些菌」；metagenomics =「菌能做什麼」。
- 「HMP 最重要的發現？」→ 菌相依部位分群、個體變異大、但功能高度保守（功能冗餘）。
- 「發炎狀態菌相最常見的兩個變化？」→ Enterobacteriaceae↑、Lachnospiraceae↓，且多樣性下降。
- 「目前最成功的微生物療法、用於什麼、治癒率？」→ FMT，用於復發性 C. difficile，~85%。
- 「微生物相關研究為什麼難證明因果？怎麼補強？」→ 多為 case-control 相關；靠 gnotobiotic 小鼠驗證因果。
- 「為什麼 GF 動物可拿來研究菌相對免疫的角色？」→ GF 動物免疫不成熟，凸顯菌相是免疫發育必需。
- 「抗生素為何連抗藥菌也清掉？」→ 清除keystone species，破壞菌-菌依賴。